少しややこしいのですが、土地に対する減税措置は、2つから高い方を選ぶことができます。
まず減税措置を受けることができる条件はこちらになります。

①未使用の住宅(築年数は関係ない)とその土地を購入した場合
②土地を取得した日から3年以内に住宅を新築した場合
③土地を借りて住居を新築した人が新築1年以内にその土地を取得する場合

この条件のどれかを満たせば、減税の措置を受けることができます。

(土地1㎡あたりの不動産価格×1/2)×(課税床面積×2)×3%
*課税床面積は、1戸につき200㎡以内となります。
OR
控除額45000円

まあ、ほとんどの新築住宅の場合は、
(土地1㎡あたりの不動産価格×1/2)×(課税床面積×2)×3%
の方が控除額が大きくなります。

不動産取得税は、建物の場合も、土地の場合も上記の減税措置を受ければ、全くかからないケースもあります。この減税措置の申請は、基本的には自分でやらないと減税措置が受ける前の税額が請求される事になりますので、都道府県の税事務所に確認をしましょう。最近は自動的に計算をしてくれる自治体もあります。